Firefoxを使っていて、ここ半年の間「新しいウインドウを開くと裏側に隠れる」という現象に悩まされていました。具体的な症状としては
　Firefoxを起動（ウインドウＡ）
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　リンクを右クリックして「リンクを新しいウインドウで開く」を選択
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　新しいウインドウが開く（ウインドウＢ）
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　ウインドウＢがウインドウＡの裏側に隠れる
頻繁に更新されるFirefoxが原因かと思い半ば諦めていましたが、どうやらFlash Playerが要因っぽい。

Firefoxで新しいウィンドウが裏に隠れる
http://www.min6.com/2013/06/07161300.php
Firefox で Flash Player が原因で「ウィンドウが非アクティブ」になる
http://jutememo.blogspot.jp/2012/07/firefox-13-flash-player-113.html

とりあえず「Flash Player の保護モードを無効にする」で様子見。今のところ現象再発せず。感謝感謝。